1971年的寒冬，叶剑英元帅复出，再次执掌军委日常工作。彼时，陈士榘将军身为军委办公会议的成员，直接受叶帅指挥。一日，叶帅单独约谈陈士榘，意欲对其职务进行调整，提议他担任国防部副部长一职。
昔日，陈士榘担任工程兵司令一职，而工程兵在当时不过是一个微小的兵种。当他被调任国防部副部长，地位上无疑有所提升。按理推断，陈士榘应当感到欣喜，然而他却婉拒了叶帅的美意，坦言：“我宁愿继续担任这个微不足道的兵种司令。我的能力有限，此职务恰合我意。再者，我素来人缘不佳，若职位越高，瞩目越多，不如退居幕后，方能更加安心地工作。”
陈士榘自谓“人缘一向不佳”，此语虽含自嘲之意，实则亦非全然戏谑。在战争岁月，他与部分将领间确曾出现过不和谐的音符。1947年8月，为配合中野主力挺进大别山，华野下辖的陈唐兵团临时归刘邓所节制指挥。
为遏制中原野战军主力挺进大别山，蒋介石调集了众多部队展开围堵，其中便包括邱清泉指挥的整编第5师。面对如此强劲的对手，陈唐兵团亦需祭出自己的杀手锏。当时，陈唐兵团下辖三支纵队，分别是以何宜祥为司令员的三纵、王建安为司令员的8纵以及宋时轮为司令员的10纵。
第三纵队与第八纵队均以攻坚作战的卓越能力著称，而整编第五师作为国军五大主力之一，兵员素质高，火力强大，故而无论是第三纵队还是第八纵队，若与敌军正面交锋，硬碰硬地进行进攻，难免会陷入不利。相较之下，第十纵队的攻坚实力虽不及第三纵队与第八纵队，然而在阻击战方面，其在华东野战军各纵队中堪称佼佼者。
因此，陈士榘将抵御邱清泉的使命委以宋时轮，并严令他排除万难，将敌军滞留在梁山区域。宋时轮接到命令后，即刻率领部队着手构建防御阵地。8月4日，梁山地区的阻击战正式拉开序幕。尽管我方在兵力和武器装备上均逊于敌军，但在宋时轮的英明指挥下，第十纵队展现出了极大的顽强，成功将邱清泉的部队牢牢牵制。
面对邱清泉屡遭10纵的顽强阻击，蒋介石无奈之下，只得派遣整编第84师增援。虽然10纵在华东野战军中阻击战能力堪称翘楚，但以一己之力抵挡住敌方的两个整编师，终究力不从心。经过五天的激战，宋时轮不得不撤退阵地，率领部队向北渡过黄河。
面对敌人的紧迫追击，部队在渡河过程中遭遇了抢渡之急。加之指挥上的混乱以及渡河工具的匮乏，10纵遭受了较为严重的伤亡，4000多名支前民工亦不幸落入敌军之手。战事结束后，上级部门认定宋时轮未受命令擅自率领部队撤至黄河对岸，导致部队伤亡惨重，遂有追究其责任的打算。
宋时轮辩称，他渡河行动乃系遵从陈参谋长之口头指令，故而并非擅自为之。然而，陈参谋长对此予以否认，坚称未曾下达过此类命令。鉴于缺乏确凿的证据，宋时轮的辩解终未得到认可。幸而粟裕挺身而出，宋时轮方免受处分。此事亦使得他与陈参谋长之间产生了些许不悦。
在宿北战役进行之际，一纵司令叶飞亦与陈参谋长之间出现了不和谐。彼时，叶飞为阻截胡琏对戴之奇的支援，便率领一纵部利用夜幕的掩护，采取突袭战术，对胡琏部队发起攻击，令其措手不及。翌日拂晓，胡琏察觉一纵孤军深入，随即调整兵力，将一纵团团围困。
叶飞向陈参谋长请教部队的行动策略，陈参谋长指示部队需实施突围。鉴于白天突围风险极高，叶飞恳请陈参谋长亲自临阵指挥。陈参谋长表示，鉴于敌人包围圈已然严密，自身难以进入，但他坚决要求叶飞带领部队强行突破。他甚至强调，若不撤退，他将不再负责指挥。
叶飞对此深表不满，即便时过境迁，仍耿耿于怀。在其个人回忆录中，他特意记载了此事，强调：“面对一支数万人的军队，身为参谋长怎能置身事外？”此事件亦导致了叶飞与陈参谋长之间的一段时间紧张关系。
洛阳之战落幕之际，陈士榘在总结会议上的发言，引发了部分中野将士的不悦。该战役乃中野与华野共同发起，中野出动了陈谢兵团，而华野则派出了陈唐兵团。鉴于联合作战的格局，理应由一人担任总指挥之职。
陈赓将军的军衔与资历均胜过陈参谋长，依照常理，指挥洛阳战役的重任本应归属他。然而，陈赓将军却谦逊地认为自己所部重火力不及其他兄弟部队，因此毅然决然地推举陈士榘将军担任指挥。此役打得极为出色，不仅成功夺取了洛阳城池，更生擒了敌军将领邱行湘。
战后，刘伯承亲自主持召开了总结大会，陈士榘，作为战役的总指挥，发表了重要讲话。在分享攻城战的经验时，他过分突出了炮火在战斗中的作用。彼时，中野部队刚刚从大别山地区转战而出，重型火炮的损失已近严重，几乎损失殆尽。
陈参谋长此刻过分凸显炮火威力，却忽略了中野将士们的情绪。鉴于中野部队缺乏重炮，如此一来，攻城之战岂不是陷入困境？此举无疑对部队士气构成了负面影响。刘伯承因此情绪激动，在会议发言时，他着重强调人才的重要性，并断言只要战术运用得当，即便重武器短缺，亦能攻克城池，所向披靡。战后，陈参谋长因而受到了陈老总的严肃批评，并进行了深刻的自我反省与检讨。
在双堆集围歼黄维兵团的战役中，陈参谋长的举措再度激起中野将士的怨声。当时，中野的兵力与黄维兵团旗鼓相当，然而火力方面却明显处于劣势。尽管成功将敌军合围，但彻底击败敌军却显得异常艰难。
为迅速剿灭敌人，中野部队向华野寻求支援。粟裕遂指派陈参谋长率领三个纵队前往协助。当时，中野参战部队均斗志昂扬，均不愿轻易放弃进攻阵地。陈参谋长目睹此景，心中不悦，转身离去。
刘伯承察觉陈参谋长未及时投入战斗，遂致电粟裕，愤然质询：“陈士榘是否意图让中野孤军奋战？”粟裕闻言立刻了解情况，方知系中野参战部队拒绝让出阵地。查明真相后，刘伯承亲自联络陈参谋长，并指示王近山调整部署，确保攻击位置得以顺利移交。
关于此事，双方均存在一定问题。陈参谋长此行本是为了提供协助，然而中野参战部队却不愿让出阵地，此举显得颇为不妥。此刻，陈参谋长理应将情况如实反映给刘帅，寻求其协调解决，而非情绪化地一走了之。正因如此，中野的部分将士对陈参谋长的态度产生了误解，认为他过于傲慢。
正是由于这些事件，陈士榘向叶帅坦言自己的人脉“向来不佳”，并婉拒了叶帅的提议，不愿担任国防部副部长一职。此后，他在工程兵司令的岗位上兢兢业业，直至退休。步入晚年，陈士榘在回顾这次职务变动时，依然坚信自己的决定是明智的，并表示：“对于此事，我自认有充分的自我认知。”1995年，陈士榘将军走完人生旅程，享年86岁。